贵南县地处祁连山边缘至昆仑山的过渡地带，属于柴达木地块的东延部分--共和盆地。境内南部高山连绵、挺拔高耸，为西倾山褶曲高原的一部分，直亥山峰为境内第一高峰,海拔5011米;中部为高原滩地，地势开阔平坦，其中木格滩沙漠面积7.47万公顷，是典型的内陆沙漠滩地，沙丘连岩绵，牧草点点。黄河及其支流沙沟河、茫拉河切割冲刷所形成的台地和谷地，或宽或窄，相对平坦;北部拉西瓦黄河边海拔2222米，是境内最低点。境内大部分地区在海拔 2150-4500米之间。山地、滩地、谷地错落分布是贵南地势的特点。